La Direction Générale est située dans le bloc administratif et est composée de:

• Secrétariat Général (SG),

• Direction des affaires administrative et Financière,

• Surveillance Générale,

• Secrétariat de Direction.

La Direction Générale assure la gestion et la direction de l'Ecole Nationale de Santé Publique (ENSP) de Niamey dans la limite des pouvoirs délégués par le conseil d'administration